Whitaker sinh ngày 15 tháng 7 năm 1961, con trai của Laura Francis (nhũ danh Smith), một giáo viên giáo dục đặc biệt đã tự học ở trường đại học và kiếm được hai bằng thạc sĩ trong khi nuôi dạy con cái và Forest Steven Jr., nhân viên bán bảo hiểm. Mẹ của ông có tổ tiên là người Akan, trong khi cha ông là người gốc Igbo. Khi Whitaker bốn tuổi, gia đình ông chuyển đến Carson, California. Whitaker có hai anh em trai, Kenn (diễn viên), Damon, và một chị gái, Deborah. Vai diễn đầu tiên của ông trong vai trò diễn viên chính là người dẫn đầu trong chương trình Under Milk Wood của Dylan Thomas.